許人多對於金闕宮的誤解，有兩方面，第一是誰才是宇宙中的唯一真神，第二是燒化的金額太大與效果的問題。 先說第一個問題，大家曾聽過有兩個嬰兒，在同一家醫院，同一天出生，護士洗澡時，將角環拆下後對調而不自知，家長也分不清就抱回家養了，長大後去上學，有人提出質疑，於是驗了DNA，終於真相大白，此刻的父母與子女，一定百感交集，想不到跟自己相處這麼久的竟不是自己的親人，如果問子女要不要認祖歸宗，相信很多人即使家裡再窮，也不願拋棄養了自己十幾年的家庭，寧願相信DNA是錯誤的，也不願面對被抱錯的事實。這就是生物與生俱來的天性，也叫做印痕。 很多人從小隨父母拜神，這個從小拜到大的神就像印痕一樣，深深地烙印在他們心中，這個印痕告訴他們，從小拜的神才是唯一的真神。當其他人告訴他們，真正的神並非他們所拜的神時，他們的印痕告訴他們要起來反駁，不願承認。此時就要像認祖歸宗一樣驗DNA，但是神如何驗DNA呢?真正創造宇宙的神，自然可以撼動神，鬼，人三界，所以你拜的神，如果叫不到鬼或叫不到神出來講講話，肯定他的權限沒那麼高，第一關就淘汰了。接著可以傳音的宗教，可以驗證他講的話是否是真的，這又可以淘汰一堆了，再來就是，可不可以改變自然的氣候，如果可以，就真的是宇宙創造者才有如此本事，經過這三關的淘汰之後，就像人在驗DNA一樣，真相馬上大白，只是看到真相的人，是否願意接受真相，放棄他信了幾十年的假象呢? 第二個是燒化的問題，很多人一聽到金額如此之高，連燒都不燒，就開始大放厥辭說金闕宮在騙人。也有人燒了之後，達不到自己想要的的目的，也一起加入批評金闕宮的行列。到底燒化是不是有效，這就取決於你對燒化意義的認知，如果認識的很清楚，燒下去就有效，認識不清，燒再多也枉然。燒化的目的，是在解開勾住人前進的枷鎖，這些枷鎖是個人前世欠債所造成的，解開枷鎖之後，你可以大步向前，也可以原地不動，所以願意往前繼續前進的人，自然收穫滿滿，而原地踏步的人，自然是一無所有，只會怪罪燒化無用。所以同樣的燒化金額，不同的人有不同的效果，就是因為各人的努力程度不同，加上個人原始的債務大小不同所導致。 對金闕宮有正確認知的人，燒化之後，效果會逐漸顯現，有時候是慢慢變好，讓人一時之間察不出來，以為是沒有用，但只要持續燒化，時日一久，自然會有所感應。但是燒化也不是萬靈丹，還是要有形的人去配合，才能收到相輔相成的效果。
